Els anys quaranta i cinquanta el Club va viure una expansió molt important per les bona relacions comercials de les empreses locals que van gestionar la vinguda d'equips de primera línia Nacional, així com també de jugadors internacionals d'Espanya i Estrangers, la qual cosa va possibilitar que el R.C.D. Espanyol, el R. Saragossa, València CF, FC Barcelona, combinats Bascos, Catalans i fins i tot el d'Hongria, jugaran al Camp Els Pins, revitalitzant el nom del Club i el d'Alaior, especialment en arribar les festes patronals ("Sant Llorenç ") amb partits cims de l'estiu Menorquí.
La temporada 1954/1955 l'equip va participar per primera vegada en la 3ª Divisió, competició que va participar durant 14 Temporades, fins a 1968. Després de la tornada a la Regional durant 11 temporades, l'equip retorna a la Lliga Balear, (Temporada 1979/1980), en la qual participa continuadament fins a la temporada 2011/2012, (32 temporades) suposant un rècord Nacional de permanència continuat en aquesta Categoria, ja que no hi ha cap Club a Espanya que hagi superat aquest nombre de temporades consecutives en la 3a Divisió Nacional.
El Club sempre ha jugat al mateix camp Els Pins, el qual des de l'any 1923 és el recinte de la diferents equips, sent el Camp més antic de Futbol Menorquí en la seva mateixa ubicació. El CE.Alaior sempre ha vestit samarreta a ratlles verticals blanquinegras, així com pantalons negre i mitjanes negres amb volta blanca.
El Futbol va començar a jugar-se a Alaior a principis del segle XX amb la disputa de partits esporàdics amb equips locals i d'altres que visitaven la població, perquè en la dècada dels anys vint es creessin equips més estables, que motivessin a la temporada 1924/1925 la inscripció oficial de l'Alaior FC. i posteriorment el CD. Alayorense, els quals van participar en els campionats insulars fins a la Temporada 1928/1929, per a posteriorment estar 4 anys sense competició oficial a Menorca ia la represa d'aquesta, els equips Alaiorenses van determinar fusionar-se, inscrivint el 3 novembre de 1934 l'actual CE.Alaior, però fins després de la contesa Nacional no van tornar a competir (Temporada 1944/1945), mantenint-se fins a l'actual.